1.疫情紓困補助收入，免申報扣繳
去年開始因疫情衝擊台灣產業，各部會也祭出紓困及振興方案，如果企業有領到各類紓困補助、津貼，依《嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例》第9-1條規定，可免納所得稅，企業領到的補助收入也不須填報扣繳憑單。
2.員工派訓參加公會課程免扣繳但要申報
許多企業也會向同業公會繳交會費，因同業公會會費的性質相近於企業的營業收入，因此免扣繳及申報。如果企業派員參加同業公會舉辦的教育訓練課程，可留意是否有拿到同業公會所提供的發票，國稅局表示，如果同業公會有提供發票作為憑證，企業在給付參訓費時，因對企業而言屬於「其他所得」，依法可以免扣繳稅，企業只要列單向國稅局申報、填發免扣繳憑單就可以。

3.補助員工國內出差膳雜費，要留意認列限額
如果補助員工的總額，已經超出法定的認列標準，超出部分申報時應列入員工「薪資所得」。根據《營利事業所得稅查核準則》第74條規定，員工可享一定額度的國內出差膳雜費(住宿費除外)，不必憑證就能認列，出差對象是董事長、總經理、經理、廠長等高階管理者，每人每日700元；其餘員工則每人每日600元。因此申報扣繳的標準和公司補助額度有關。 ▊舉例：公司員工出差及旅費報支管理辦法訂定「國內出差員工每日可領膳雜費1,000元」。小明出差5天共領了5,000元補助，因公司只能認列小明每天600元(5天共3,000元的花費)，因此超出額度的補助2,000元(5,000元-3,000元)屬於公司支付給小明的薪資所得，雖然給付時不必扣繳，但要在1月份申報。
4.員工若有自願提撥勞退金，應自所得總額應扣除
企業申報時，應將去年度員工自願提繳退休金金額自給付薪資總額中全數扣除，以免勞工多繳稅款。 根據《勞工退休金條例》第14條第3項規定，勞工每月可自願提撥6%以內的退休金，不計入提繳年度薪資所得課稅，當企業填報所得扣即免扣繳憑單時，應將勞工自願提繳退休金金額填報到「依勞退條例自願提繳之金額」欄位，並將給付總額欄位扣除自願提繳金額。 ▊舉例：小玲2020年每月薪資總額為30,000元，年終獎金2個月，則去年度薪資所得為420,000元。小玲每月自願提繳6%退休金，則雇主應在109年度扣繳憑單「依勞退條例自願提繳之金額」欄位填報21,816元(30,300元×6%×12個月)，「給付總額」欄位應填報398,184元(420,000元-21,816元)。

5.去年尾牙獎品超過2萬要應申報扣繳
接近年底辦尾牙，企業若有舉辦員工摸彩、抽獎活動，且得獎者是居住國內的納稅義務人，依照《各類所得扣繳率標準第2條、第3條》規定，企業發放給員工的獎金、獎品價值超過2萬元就要負扣繳義務，須先扣取10%稅款、隔月向國稅局繳清稅款，並於隔年申報扣繳(應扣稅額超過2,000元)；如果給付對象是外國員工(非本國稅務居民)，則無論獎項金額多寡都要扣20%稅款並在10天內向國稅局申報，辦理扣繳申報。 ▊舉例：某公司「去年」尾牙抽獎，小美抽到價值10萬元現金，該公司除了應扣繳1萬元，也須在今年2月1日前填報扣繳憑單。 最後提醒企業主，若您在期限內申報，且給付對象身份是本國居民，就可以免填憑單，但如果錯過申報期或員工要求寄發扣繳憑單時，仍須要依規定補發給員工。